在植物園裡，最引人矚目的建築，大約便是這座有著濃厚清國風情的欽差行臺了吧。這座落成於1894年的建築，是布政使司衙門的附屬建築，供行政首長與隨行官員出差時暫住。布政使的權力極大，下轄十三個局，主理民政賦稅，與主管司法的臺灣道兼按察使，為福建臺灣巡撫下的兩大長官。以今日的行政系統來比喻，那麼布政使類似行政院，按察使則類似司法加上監察院。由此亦可窺知布政使司衙門的地位了。

可惜建成後不久，甲午戰爭便告爆發，最後導致清國割讓臺灣。不願被異族統治的臺灣人，便共推臺灣巡撫唐景崧為臺灣民主國大總統，以巡撫衙門為總統府、欽差行臺為主理戰爭事物的「籌防局」。然而，臺灣民主國不過八天，便因唐景崧潛逃而告終。進駐臺北的日本軍發現巡撫衙門已被燒毀，便將總督府設在布政使司衙門與欽差行臺內了。

1912年，「總督府新廳舍」動工，六年之後才告完工的這棟建築，正是使用至今日的總統府。總督府搬離後，高等商業學校（後來臺大管理學院的前身）、農林專門學校（今中興大學前身）、臨時國勢調查部、臺北盲啞學校（今臺北市立啟聰學校前身）與南警察署等單位陸續遷入又遷出布政使司衙門建築群。

1920到1930年間，布政使司衙門建築群又曾數度成為展覽場地，如始政三十周年博覽會與第四、五屆臺美展等。此時，布政使司衙門建築群已陷入了是否該拆毀以完成都市計畫，抑或該修正都市計畫以保留史蹟的爭論中。隨後，延宕許久的臺北公會堂興建計畫持續被提起，則逼迫著相關者做出決定。由於布政使司衙門建築群極為龐大，不太可能全數移轉。因此最終決定將欽差行臺的中央建物（頭門、儀門、中大堂）遷至植物園的草坪區、行臺花園遷至小河北段西岸、東翼遷至溫室。其餘分別移至善導寺與動物園──附帶一提，當時承包移轉工程的，即是日後創立大同集團的林堤灶。

欽差行臺移至植物園後，一開始是作為展覽會場使用。隨後不久，此地改稱「修古館」，成了熱帶標本陳列室。戰後，先是難民佔據為生活空間，後來被當成林業試驗所的員工宿舍──現今旁邊有一棟黃色的附屬建築物，便是過去員工宿舍的澡堂。

有意思的是，在戰後古蹟保護運動中，欽差行臺被認為先後被認為是巡撫衙門與布政使司衙門。於是在1985年內政部發出的古蹟公告上，便是寫著「布政使司衙門」──現在回過頭看這一段被視為中國正統王朝的清帝國建物，在缺乏歷史脈絡下屢被錯認的歷史，實在令人感慨。

楊仁江，《臺灣布政使司衙門之調查研究與修護計畫》，台北：台北市政府，1991年。

李瑞宗，《台北植物園與欽差行臺的新透視》，台北：南天書局，2007年。

莊永明，〈拆遷總督府舊廳舍〉，「莊永明書坊」，http://jaungyoungming-club.blogspot.com/2015/10/blog-post.html，2015.10.3發表，2021.5.27搜尋。

林試所，〈林業試驗所植物標本館〉，推廣摺頁第129號。