在李曼瑰的推廣下，舞臺劇不再只有反共政治的劇碼，而多了其他可能。1980年代，此地開始舉辦「實驗劇展」，進一步地探索舞臺劇的界線，也是目前「小劇場運動」主要指涉的對象。實驗劇展首屆即出現了蘭陵劇坊的《荷珠新配》這齣代表性的作品。這齣由金士傑改編傳統京劇的舞臺劇，獲得了廣大的迴響，也讓「小劇場運動」自此蓬勃。實驗劇展培養出了許多知名劇團，包括至今仍享盛名的蘭陵劇坊、表演工作坊、屏風劇團等皆是在此首度登場，而金士傑、賴聲川、李國修等人也都曾在此登臺表演。賴聲川的名劇《暗戀桃花源》更是由南海劇場炙手可熱的上演狀況得到靈感而寫成。可以說，對80年代的表演工作者而言，南海劇場意義非凡。有意思的是，由此出發的小劇場們，在日後逐步成為主流劇團，「背離」了小劇場的狀況，亦使部分劇場人感到不滿。

正是在這樣的脈絡下，當中正二分局搬離建物後，戲劇界人士於是強力爭取該建築轉為小劇場使用。

1996年，市政府同意將此地保留，並作為藝文劇場使用。隔年，將之定為「紀念性建築物」，並委託符耀湘對整體建築進行重新規劃設計，以讓原本是警察局的空間得以符合劇場表演的需求。此時，符耀湘已考量到小劇場並非單獨存在，而是需與社區相互對話的，因此他「希望透過藝術表演者的不安定性，為空間製造非特定的活動性質，對應於社區裡只能提供均質的活動的場所」。在此理念下，一樓保留了警察局時代的標語、器具與拘留室等，二樓露臺則搭建雨遮使用，稱為「中正二分局小劇場」。

儘管理念甚佳，然而實際使用起來，卻造成相當的不便。加上建築老舊，陸續出現積水問題，因此在2000年左右，又由高弘樹與陳梅毛重新進行設計規劃。這次的變更，大抵奠定了今日的格局。之後，臺北小劇場聯盟退場，在2001年到2005年中間，改由趙自強負責的如果兒童劇團經營管理。也是在此期間，「中正二分局小劇場」更名為「牯嶺街小劇場」。

在如果兒童劇團之後，負責經營的是王墨林的「身體氣象館」團隊。作為在1990年便曾大喊「小劇場已死！」的戲劇界知名人物，卻又在2006年接手牯嶺街小劇場營運至今。王墨林與小劇場之間的關係，顯然有待識者進一步的討論。

無論小劇場是生是死，又是否達到了劇場中人的美學標準，牯嶺街小劇場依然存在於此。2018年開始，牯嶺街小劇場因應歷史建物的規定，再度歷經三年的整修，在還原建物之餘，亦增加無障礙設施。在重新開館的今日，牯嶺街小劇場延續過往的定位，以獨立性、實驗性的培育演出空間為主力，鼓勵藝術家與邊緣／弱勢族群的創作，邀請國際藝術家至此展演⋯⋯。綜觀牯嶺街小劇場從保存到開展，除了在臺灣小劇場史上的地位外，在文史保存／歷史建築再運用的領域中，亦是令人津津樂道的一筆。